等离子体激光器

PASQ:一种基于SNP阵列数据确定肿瘤细胞中等位基因剂量的广义线性模型方法。人类癌症在很大程度上是由突变的获得所驱动的。一类这样的突变是拷贝数多态性,包括与每个细胞常染色体的正常二倍体的两个拷贝的偏差。我们描述了探针水平等位基因特异性定量(PCALQ)程序,以确定来自单核苷酸多态性(SNP)微阵列数据的癌细胞中的每一个亲本染色体的拷贝数贡献。我们的方法是基于一个广义线性模型,利用阵列上的探针的新分类。作为这种分类的结果,我们能够使用预期的最大化算法来设计该模型到数据。我们展示了一个强大的模型适合各种细胞类型的数据。在正常二倍体样品中,PyLQ能够以非常高的精度进行基因型。此外,我们能够提供癌症样本中的广义基因型(例如,在扩增SNP上的cccct)。我们的方法说明了各种肺癌细胞系和肿瘤,并通过独立的计算和实验手段验证了一些事件。一个包含这些方法的R软件包是免费提供的。