dChipSNP

dChipSNP:基于杂合度丢失的SNP阵列的显著性曲线和聚类。动机:寡核苷酸微阵列允许同时对数千个单核苷酸多态性(snp)进行基因分型。最近,这项技术已被应用于成对正常和肿瘤样本的杂合度丢失(LOH)分析。然而,分析这些数据的方法和软件还没有完全开发出来。结果:在这里,我们报告了自动化的方法,汇集SNP阵列复制品进行LOH调用,在基因和细胞带的背景下,沿着染色体可视化SNP和LOH数据,进行统计推断以识别共享的LOH区域,基于LOH谱对样本进行聚类,并将聚类结果与临床变量相关联。将这些方法应用于前列腺癌和乳腺癌的数据集会产生生物学上重要的结果。可用性:实现这些方法的软件模块dChipSNP在http://biosun1.harvard.edu/complamb/dchip/snp/补充资料:乳腺癌资料由Andrea L.Richardson,Zhigang C.Wang和James D.Iglehart提供。


zbMATH中的参考文献(参考文献6条)

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