×

iCorr(iCorr)

swMATH ID: 18390
软件作者: Shubham Kundal、Raunak Lohiya、Kushal Shah
描述: iCorr:检测原核和真核基因组中复制起源的复杂相关方法。复制起源的计算预测(ORI)在生物信息学中引起了极大的兴趣,过去已经探索了几种方法,包括GC Skew、Z曲线、自相关等。在本文中,我们扩展了自相关方法,以更高的分辨率预测原核生物ORI的位置。提出的复相关方法(iCorr)通过将核苷酸映射到{+1,-1,+i,-i}而不是自相关方法中使用的{+1,-1}(这里,“i”是-1的平方根),将基因组序列转换为复数序列。因此,iCorr方法使用所有四个核苷酸的位置信息,这与早期仅使用一个核苷酸位置信息的自相关方法不同。我们还开发了一种iCorr方法的变体,用于预测真核生物中ORI的位置,并用实验已知的酿酒酵母起源位置进行了测试,平均准确度为71.76
主页: https://arxiv.org/abs/1701.00707网址
关键词: 复制的起源;ORI公司;生物信息学;基因组序列
引用于: 0个文档