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计算机辅助焊接

swMATH ID: 17944
软件作者： Lun，A.T.L.，Smyth，G.K。
说明： csaw：使用滑动窗口对ChIP-seq数据进行差异结合分析的生物导体包。大规模平行测序染色质免疫沉淀法（ChIP-seq）被广泛用于确定基因组中目标蛋白的结合位点。一个重要的科学应用是确定不同处理条件下蛋白质结合的变化，即检测差异结合。这可以揭示结合变化可能促进治疗效果的潜在机制。csaw软件包为差异结合基因组区域的从头检测提供了一个框架。它使用基于窗口的策略来总结整个基因组的读取计数。它利用现有的统计软件来测试每个窗口中的显著差异。最后，它将窗口分为多个区域进行输出，并在所有检测到的区域中正确控制错误发现率。csaw包可以处理涉及生物复制的任意复杂的实验设计。它可以应用于转录因子和组蛋白标记数据集，更广泛地说，也可以应用于测量基因组覆盖率的任何类型的测序数据。csaw在模拟数据和实际数据的从头开始DB分析方面优于现有方法。csaw是作为一个R软件包实现的，可以从开源的Bioconductor项目中免费获得。
主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/44/5/e45.short
相关软件： 利马;生物导体;差异Hic;Voom公司;边缘R;差异代表;铬HMM;差异绑定;B平滑;DMR扫描;准序列;功能计数;数据序列;R子阅读;布伦特
引用于： 4文件
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14位作者引用

2 戈登·史密斯（Gordon K。Smyth）。
1 亚历山大，沃伦·S。
1 Andreassen，Bettina K。
1 佩德罗·巴多尼。
1 哈博（Hanne F.Harbo）。
1 约瑟夫·乔治·易卜拉欣
1 Lee，Stanley先生
1 亚伦·T·L·伦。
1 伊恩·马杰夫斯基。
1 Christian M.佩奇。
1 贝琳达·菲普森
1 纳伊姆·拉希德。
1 特丽恩·隆格（Trine B.Rounge）。
1 沃斯，琳达

3篇连载文章中引用

2 遗传学和分子生物学中的统计应用
1 生物计量学
1 应用统计学年鉴

在2个字段中引用

4 统计学（62-XX）
三 生物学和其他自然科学（92-XX）

按年份列出的引文