CMA公司

CMA–一个全面的生物导体包,用于高维数据的监督分类。背景:近八年来,基于微阵列的分类一直是统计学、生物信息学和生物医学研究的一个重要课题。传统的方法往往产生不满意的结果,甚至可能不适用于所谓的“p”n”的设置,其中预测值p的数量远远超过观测值n,因此称为“不适定问题”。对于没有这方面经验的统计学家或统计背景有限的科学家来说,仔细选择和评估符合公认的良好实践标准是一项非常复杂的任务。基于高维数据的类预测方法的多样性是缺乏经验的研究人员面临的另一个实际挑战。结果:在这篇文章中,我们介绍了一个新的生物导体软件包,称为CMA(代表“微阵列的分类”),它可以自动执行变量选择、参数调整、分类器构建和使用大量常用方法对构建的分类器进行无偏评估。不需要花费太多时间和精力,用户就可以获得大多数性能最好的分类器的无偏准确性的概述。此外,CMA基础上的标准化评估框架在统计研究中也可能是有益的,例如,如果必须将一个新的分类器与现有的方法进行比较。结论:CMA是一个用户友好的综合软件包,用于分类器的构建和评价,实现了最常用的方法。可从Bioconductor网站免费获取http://bioconductor.org/packages/2.3/bic/html/CMA.html。