SIRENE公司 swMATH ID: 17419 软件作者： F.Mordelte，J.-P.垂直 描述： SIRENE：监管网络的监督推断。动机：活细胞是基因表达程序的产物，涉及数千个基因的转录调控。因此，需要对转录调控网络进行解释，以了解细胞的工作机制，例如，有助于发现新的治疗靶点。尽管已经提出了几种方法来从基因表达数据推断基因调控网络，但最近对大规模基准实验的比较表明，大多数当前方法仅在合理的精度水平上预测有限数量的已知调控。结果：我们提出了SIRENE（监管推断调控网络），这是一种从表达数据概要推断基因调控网络的新方法。该方法将基因调控网络推理问题分解为大量的局部二元分类问题，重点是为每个转录因子分离目标基因和非目标基因。因此，SIRENE概念简单，计算效率高。我们在一个基准实验上对其进行了测试，该实验旨在预测大肠杆菌中的规则，结果表明，与其他最先进的推断方法相比，它检索到的已知规则数量增加了6倍。可用性：所有数据和程序均可在http://cbio.ensmp.fr/sirene。 主页： http://cbio.mines-paristech.fr/sirene/ 相关软件： 阿拉伯国家石油公司；KEGG公司；紧缩；R（右）；RegulonDB公司；UniProt公司；生物网格；答对 了；科帕西；玻璃制品；TRANSFAC公司；简单MKL；伦敦银行支持向量机；集群Viz；SDTNBI公司；DNRLMF-MDA公司；药品E-Rank；字符串；药物数据库；绑定数据库 引用于： 6文件 全部的 前5名16位作者引用 1 冠军，马加里 1 佛罗伦萨德阿尔切布 1 塞尔索·格雷博吉 1 维安·胡恩·图恩 1 尼古拉·卡萨波夫。 1 赖英成 1 蓝、薇 1 乔治·迈克利迪斯（George C.Michailidis）。 1 潘毅 1 维克托·皮奇尼 1 吉多·桑吉内蒂 1 马蒂厄·维格内斯 1 王建新 1 王文旭 1 吴方祥 1 严，程 全部的 前5名6篇连载文章中引用 1 数学生物科学 1 物理报告 1 复杂性 1 统计与计算 1 分子生物学方法 1 Springer手册 全部的 前5名10个领域引用 4 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 计算机科学（68至XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 动力系统和遍历理论（37至XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 粒子和系统力学（70-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 1 系统论；控制（93至XX） 1 信息与通信理论、电路（94-XX） 按年份列出的引文