ArchPRED公司 swMATH ID: 17375 软件作者： N.Fernandez-Fuentes、J.Zhai、A.Fiser 描述： ArchPRED：基于模板的循环结构预测服务器。ArchPRED服务器(http://www.fiserlab.org/servers/archpred)实现了一种新的基于片段搜索的环构象预测方法。服务器的输入是查询蛋白的原子坐标和循环的位置。该算法通过匹配查询的长度、支撑二级结构的类型以及满足茎残基施加的几何约束，从定期更新的循环库（搜索空间）中选择候选循环片段。随后，将候选环插入查询蛋白框架中，在那里重建它们的侧链，并通过茎区域的均方根偏差（r.m.s.d.）和与环境的刚体碰撞次数来评估它们的拟合。在最后一步中，剩余的候选循环通过Z评分进行排序，Z评分结合了序列相似性信息以及预测和观察到的主链二面角倾向的拟合。最终的环构象建立在蛋白质结构中，并在环境中使用共轭梯度最小化进行退火。该预测方法在人工准备的搜索数据集上进行了基准测试，其中删除了SCOP超家族水平上所有琐碎的序列相似性。在这些条件下，可以预测长度为4、8和12的回路，覆盖范围为98、78和28 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1538831/ 相关软件： 西拉默；BacSim公司；神经元；SIRENE公司；UniProt公司；网络格式塔；KDDONTO公司；Protege公司；地理支持向量机；游戏；班比诺；UniHI公司；预SPI；nocoRNAc基因；生物网格；生物优化器；游戏；基因组；jCOLIBRI公司；麦克拉德 引用于： 1文件 1位作者引用 1 尼古拉·卡萨波夫。 连载1篇 1 Springer手册 在3个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文