JCAT

JCat:一个新的工具,以适应密码子使用的目标基因,其潜在的表达宿主。研究了靶基因密码子在大多数原核基因和真核基因表达载体上的适应方法,以提高异源蛋白的产生。与现有的工具相比,JCat(Java密码子适应工具)不需要手动定义高表达的基因,因此是一种非常快速和容易的方法。JCAT密码子适应的进一步选择包括避免不需要的酶切位点和限制性内切酶Rho独立的转录终止子。JCat的输出既是图形化的,又是密码子适应指数(CAI)值,用于粘贴序列和新适应序列。另外,可以上传FASTA格式的基因列表来计算CAI值。在一个例子中,秀丽隐杆线虫基因组的所有基因都适合于大肠杆菌密码子的使用,并进一步优化以避免常用的限制位点。在第二个例子中,铜绿假单胞菌EXBD基因密码子的使用适应于大肠杆菌密码子使用,同时避免相同的限制位点。对于两者,引入的变化的程度被记录和评估。JCat被集成到PRODORIC数据库中,它承载各种生物体所需的信息,以满足所请求的计算。JCat可以自由接近HTTP://www. PRODOICIC.DE/JCAT。