元生成注释器

基因注释器:检测核糖体结合位点的物种特异性模式,以便在匿名原核和噬菌体基因组中精确预测基因。DNA测序仪的最新进展正在加速基因组测序,特别是在微生物中,来自不同物种的完整基因组和草图基因组已经被快速连续地测序。在这里,我们提出了一个全面的基因预测工具,metageneanotator(MGA),它可以从单个或一组具有不同长度的匿名基因组序列精确地预测各种原核基因。除了细菌和古细菌基因的统计模型外,MGA还整合了原噬菌体基因的统计模型,并且还使用来自输入序列的自训练模型进行预测。因此,MGA不仅可以敏感地检测典型基因,而且可以检测到不典型的基因,例如原核基因组中水平转移的基因和原噬菌体基因。在这篇论文中,我们还提出了一种分析核糖体结合位点(RBS)的新方法,使我们能够检测RBS的物种特异性模式。基于这种方法,MGA有着独创的RBS模型,可以精确地预测基因的翻译起始。MGA还成功地通过使用改进的RBS模型(700 bp片段的敏感性和特异性分别为96%和93%)提高了短序列的预测精度。MGA的这些特点加速了微生物基因组研究的广泛开展,如基因组注释和元基因组分析。


zbMATH参考文献(参考

显示结果1到3,共3个。
按年份排序(引用)

  1. 比较基恩·玛丽娜。模型、算法和实现(2015)
  2. Yok,Non G.;Rosen,Gail L.:结合基因预测方法改进宏基因组基因注释(2011)ioport公司
  3. 李维忠:基于快速聚类和功能注释的超大基因组分析与比较(2009)ioport公司