短语

用PHRAP组装基因组DNA序列。PHRAP汇编程序提供了快速比较、比对和组装大量DNA序列。PHRAP通过搜索符合特定标准的匹配的“词”或序列区域来比较序列。如果找到匹配项,则PHAP将尝试将对齐扩展到被称为重叠群的重叠部分。PHRAP使用PHRD BaseCalar产生的质量值来在差异容忍度和堆叠重复序列的预防之间取得平衡。PHRAP装配算法通常被用作PHRES/PHRAP/CONSED软件序列的一部分用于序列分析。该单元给出了PHRAP汇编程序的基本用法的指令,包括准备输入文件(支持协议1和2)和输出文件的解释(基本协议1和2)。还讨论了用于更改PrPHA程序集参数的几个命令行选项(基本协议3)。


ZBMaCT中的参考文献(2篇文章中引用)

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按年份排序(引文

  1. Axelson Fisk,玛丽娜:比较基因发现。模型、算法与实现(2015)
  2. Picardi,埃内斯托;Mignone,FLavio;PeSOL,格拉齐亚诺:EasyCopy:一个快速高效的面向基因的大规模转录组数据聚类工具(2009)伊波尔特