制造商

制造商:为新兴的模式生物基因组设计的易于使用的注释管道。我们已经开发了一种便携式和易于配置的基因组注释管道称为制造商。其目的是允许研究者独立地注释真核基因组并创建基因组数据库。制造商识别重复,将EST和蛋白质对准基因组,产生从头计算基因预测,并自动将这些数据合成为具有循证质量指数的基因注释。制造商也容易训练:使用初步运行的输出来自动重新训练其基因预测算法,在后续运行中产生更高质量的基因模型。制造商的输入是最小的,它的输出可以用来创建一个GMOD数据库。它的输出也可以在阿波罗基因组浏览器中查看;制造商的这个特性提供了一种简单的方法来注释、查看和编辑单个CONTIGS和BACS,而不需要数据库的开销。作为原理的证明,我们使用了制造商来注释planarian Schmidtea mediterranea的基因组,并创建了一个新的基因组数据库SmedGD。我们还将制造商的性能与其他已发表的注释流水线进行了比较。我们的结果表明,制造商提供了一种简单有效的手段,将基因组序列转换为社区可访问的基因组数据库。制造商应该证明特别有用的新兴模型生物基因组项目,其中广泛的生物信息学资源可能不容易获得。