马克普

MAKE-P:用于植物基因组注释的快速创建、管理和质量控制的工具箱。我们已经优化和扩展了广泛使用的注释引擎制造商,以便更好地支持植物基因组注释工作。新的特征包括对大的重复富集植物基因组的更好的并行化、非编码RNA注释能力和伪基因识别的支持。我们已经确定了使用拟南芥(拟南芥)和玉米(Zea mays)基因组得到的软件工具包MAKE-P。在这里,我们展示了MAKER - P工具包的能力,自动更新,扩展和修改拟南芥注释,根据新的可用数据,并注解假基因和非编码RNAs缺席拟南芥信息资源10建设。我们的结果表明,MAKE-P可以用来管理和改善甚至拟南芥注释,也许是最好的注释植物基因组。我们还安装和基准MaKer-P在德克萨斯先进的计算中心。我们表明,该公共资源可以从头注释整个拟南芥和玉米基因组在不到3小时,并产生与当前的拟南芥信息资源10和玉米V2注释构建的可比质量的注释。


ZBMaCT中的参考文献(1篇文章中提到)

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  1. Axelson Fisk,玛丽娜:比较基因发现。模型、算法与实现(2015)