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ECgene公司

swMATH ID: 17328
软件作者: Kim,N.,Shin,S.,Lee,S。
描述: ECgene:基于基因组的EST聚类和选择性剪接的基因建模。随着人类基因组图谱和快速序列比对算法的可用性,基于基因组的EST聚类成为一种可行的基因建模方法。我们开发了一种新的基因建模方法ECgene(gene modeling by EST Clustering),它以连贯一致的方式将基于基因组的EST聚类和转录组装过程结合在一起。具体来说,ECgene考虑了选择性剪接事件。在整个过程中,剪接位点(即外显子-内含子边界)在基因组图中的位置被用作关键信息。共享任何剪接位点的序列被分组在一起,以定义一个EST簇,其方式类似于UniGene算法基于基因组的版本。利用图论将每个簇中的外显子连接性表示为一个有向无环图(DAG)来实现转录集的组装。外显子的不同路径对应于包含所有选择性剪接事件的可能基因模型。根据每个剪接变异体与基因结构的相容性,将每个簇中的EST序列进一步亚簇,它们可以作为相应亚型的克隆证据。每个亚型的可靠性是从簇成员的性质和重建转录本中所有外显子所需的最少克隆数来评估的。
主页: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1074371/
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1位作者引用

1 Axelson-Fisk,玛丽娜

连载1篇

1 计算生物学

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