生态基因

ECgene:基于基因组的EST聚类和选择性剪接的基因建模。随着人类基因组图谱的可用性和序列比对的快速算法,基于基因组的EST聚类成为一种可行的基因建模方法。我们开发了一种新的基因建模方法,EGEN(EST聚类的基因建模),它将基于基因组的EST聚类和转录组装程序以连贯和一致的方式结合起来。具体而言,ECgene考虑了选择性剪接事件。在基因组图中,剪接位点(即外显子-内含子边界)的位置被用作整个过程中的关键信息。共享任何拼接位点的序列被分组在一起,以类似于UNIGEN算法的基于基因组的版本的方式定义EST集群。转录组件使用图论来表示每个簇中的外显子连接性作为有向无环图(DAG)。沿着外显子的不同路径对应于包含所有可选择剪接事件的可能的基因模型。根据每个剪接变异体的基因结构,进一步对每个簇中EST序列进行聚类,并将其视为相应亚型的克隆证据。每个异构体的可靠性是从集群成员的性质和在转录本中重建所有外显子所需的克隆的最小数目来评估的。


ZBMaCT中的参考文献(4篇文章中引用)

显示结果1至4的4。
按年份排序(引文

  1. Axelson Fisk,玛丽娜:比较基因发现。模型、算法与实现(2015)
  2. 吴,井:保守短基因组序列编码电位的测试(2010)伊波尔特
  3. 李,Yeunsook;李,Younghee;基姆,Bumjin;申,YunGAh;Na,Seungyoon;基姆,Pora;基姆,Namshin;Yeunsook,YangHyon;(2007)伊波尔特
  4. 基姆,Pora;基姆,Namshin;李,Younghee;基姆,Bumjin;Sin,YunGAh;李,Sanghyuk:ECGE:选择剪接的基因组注释。(2005)伊波尔特