埃奇尼

基于基因剪接的选择性基因组建模和基因剪接。随着人类基因组图谱和快速序列比对算法的出现,基于基因组的EST聚类成为一种可行的基因建模方法。我们开发了一种新的基因建模方法ECgene(gene modeling by EST Clustering),它以连贯一致的方式将基于基因组的EST聚类和转录物组装过程结合起来。具体来说,ECgene考虑了选择性剪接事件。剪接位点(即外显子-内含子边界)在基因组图谱中的位置作为整个过程的关键信息。共享任何剪接位点的序列被组合在一起,以类似于基于基因组的单基因算法的方式定义EST簇。转录子组装是利用图论来实现的,图论将每个簇中的外显子连通性表示为有向无环图(DAG)。外显子上的不同路径对应于包含所有选择性剪接事件的可能基因模型。根据每个剪接变异体与基因结构的相容性,对每个簇中的EST序列进行了进一步的亚聚类,可以作为相应亚型的克隆证据。每个亚型的可靠性是从簇成员的性质和重建转录本中所有外显子所需的最少克隆数来评估的。


zbMATH参考文献(参考 4篇文章 参考)

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  1. Axelson Fisk,Marina:比较基因发现。模型、算法和实现(2015)
  2. 吴晶:验证保守短基因组序列的编码潜力(2010)ioport公司
  3. Lee,Yeunsook;Lee,Younghee;Kim,Bumjin;Shin,Youngah;Nam,Seungyoon;Kim,Pora;Kim,Namshin;Chung,Won Hyong;Kim,Jaesang;Lee,Sanghyuk:Ecgene:一种可选的剪接数据库更新。(2007年)ioport公司
  4. Kim,Pora;Kim,Namshin;Lee,Younghee;Kim,Bumjin;Shin,Youngah;Lee,Sanghyuk:Ecgene:用于选择性剪接的基因组注释。(2005年)ioport公司