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GeneHug-GEPIS公司

swMATH ID: 17310
软件作者: Zhang Y、Luoh S-M、Hon LS、Baertsch R、Wood WI、Zhang Z
描述: GeneHug-GEPIS:基于集成基因数据库的正常和癌症组织的数字表达谱分析。GeneHub-GEPIS是一个基于集成基因数据库在人类和小鼠组织中执行数字表达分析的web应用程序。该应用程序使用聚集的表达序列标签(EST)库信息和EST计数计算正常组织和肿瘤组织的标准化基因表达水平,从而为给定基因提供快速表达谱。应用程序的后端GeneHub组件包含从主要数据库中的mRNA转录序列派生的预定义基因结构,并包含常用基因标识符的广泛交叉引用。然后根据GMAP确定的精确基因组位置,将EST与基因连接。这种基于基因组的方法减少了EST和基因之间的不正确匹配,从而最大限度地减少了以前工具所看到的噪音。此外,以基因为中心的设计可以添加几个重要功能,包括文本搜索功能、接受不同输入值的能力、microRNA的表达分析、基本基因注释、批量分析以及小鼠和人类基因之间的链接。GeneHub-GEPIS可在http://www.cgl.ucsf.edu/Research/genentech/genehub-gepis/http://www.gepis.org/。
主页: http://nar.oxfordjournals.org/content/35/suppl_2/W152.short
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