SSAHA公司 swMATH ID: 17308 软件作者： Ning Z、Cox AJ、Mullikin JC 描述： SSAHA：大型DNA数据库的快速搜索方法。我们描述了一种算法，SSAHA（SequenceSearch and Alignment by HashingAlgorithm），用于在包含多个千兆DNA的数据库上执行快速搜索。通过将数据库中的序列分解为k个相邻基的连续k元组，然后使用哈希表存储每个k元组每次出现的位置，对其进行预处理。通过从哈希表中获取查询序列中每个k元组的“点击数”，然后对结果进行排序，可以在数据库中搜索查询序列。我们讨论了元组长度k对算法的搜索速度、内存使用和灵敏度的影响，并给出了计算实验结果，结果表明，SSAHA可以比BLAST或FASTA快三到四个数量级，同时比后缀树方法需要更少的内存。SSAHA算法用于高通量单核苷酸多态性（SNP）检测和大规模序列组装。此外，它还为Ensembl项目提供了基于Web的序列搜索工具。 主页： http://www.sanger.ac.uk/science/tools/ssaha 相关软件： 香皂；BLAT（爆炸）；爆炸；PSI-爆炸；KEGG公司；虾；DIALIGN公司；图案猎人；BLASTZ公司；消音器；AVID公司；传奇；火烈鸟；针织物；烤面包；银河；功能计数；R子阅读；重新计票；正确 引用于： 3文件 全部的 前5名9位作者引用 1 瓦西里斯·阿提索斯 1 黄果秋 1 Choi，Jeong-Hyeon先生 1 高塔姆·达斯 1 肖恩·戴维斯。 1 亚历克赛省科齐法科斯 1 数学，埃维 1 帕帕彼得鲁，帕纳吉奥蒂斯 1 亚历山大·斯特凡 3篇连载文章中引用 1 数据挖掘与知识发现 1 计算生物学和化学 1 分子生物学方法 在3个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文