萨哈

SSAHA:一种大型DNA数据库的快速检索方法。我们描述了一种算法,SSAHA(序列检测和对齐由HashingAlgorithm),用于对含有多个千兆DNA的数据库进行快速搜索。对数据库中的序列进行预处理,将它们分解成连续的k个连续k基的k元组,然后使用哈希表来存储每个k元组的每一个发生的位置。在数据库中搜索查询序列是通过从哈希表中获取查询序列中每个k元组的“命中”来完成的,然后对结果执行排序。我们讨论元组长度k对搜索速度、内存使用和算法灵敏度的影响,并给出计算实验的结果,表明SSAHA可以比BLAST或FASTA快三到四个数量级,而需要比后缀树方法更少的内存。SSAHA算法用于高通量单核苷酸多态性(SNP)检测和超大规模序列组装。此外,它提供了基于Web的序列搜索设施的集成项目。


ZBMaCT中的参考文献(10篇文章中引用)

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按年份排序(引文

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