MEDIPS公司 swMATH ID: 17294 软件作者： Lienhard M、Grimm C、Morkel M、Herwig R、Chavez L 描述： MEDIPS：对来自DNA富集实验的测序数据进行全基因组差异覆盖分析。动机：DNA富集后测序是分子生物学中的一种通用工具，具有广泛的应用，包括表观遗传标记和机制的全基因组分析。这些不同应用程序的一个共同要求是比较不同实验条件下的读取覆盖率。用于表观基因组关联研究的每种条件下，此类比较产生的样本数量从很少重复到数百个不等。因此，迫切需要能够快速、简单地处理和比较来自富集DNA的测序数据的软件。结果：在这里，我们介绍了R/Bioconductor包MEDIPS的主要更新，它允许每个组有任意数量的重复，并集成了复杂的统计方法来检测实验条件之间的差异覆盖。我们的方法可以应用于多种定量测序数据。此外，我们的更新为MEDIPS添加了新的功能，包括样本之间的相关性分析，并利用Bioconductor的注释数据库来促进特定基因组区域的注释。可用性和实施：MEDIPS的最新版本为1.12.0版和Bioconductor 2.13的一部分。该软件包附带一份手册，其中包含对其功能的详细描述，可在http://www.bioconductor.org。 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/2/284.short 相关软件： 功能计数；BED工具；快速质量控制；香皂；STAR公司；R（右）；MM差异；支票；g剖面仪；网络格式塔；Samtools公司；事实矿工；联邦快递；针织物；烤面包；银河；R子阅读；重新计票；正确；基因组图 引用于： 2文件 3位作者引用 1 肖恩·戴维斯。 1 数学，埃维 1 奥尔·肖姆罗尼 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文