BacSim公司 swMATH ID: 17261 软件作者： J.Kreft、G.Booth、J.W.T.Wimpenny 说明： BacSim，一个基于个体的细菌菌落生长建模模拟器。开发了通用、定量、空间显式、基于个体的模型BacSim来模拟细菌的生长和行为。这种方法的潜力在于将微观实体（细胞）的特性与宏观复杂系统（如生物膜）的特性联系起来。在这里，研究了单个大肠杆菌细胞生长为菌落的过程。面向对象程序BacSim是Gecko的扩展，Gecko是一种生态系统动力学模型，使用Swarm工具箱进行多智能体仿真。该模型描述了细菌的特性，包括在单个细胞水平上的底物摄取、代谢、维持、细胞分裂和死亡。为了使该模型容易适用于不同条件下的各种细菌，该模型使用了八个易于获得的参数，这些参数可以随机变化。对于基底扩散，使用二维扩散晶格。对于生长相关的细胞大小变化，对Donachie提出的细胞分裂概念模型进行了检验。Donachie模型的一个机械版本导致了较高增长率下的不平衡增长，而在随后的复制启动之间包含一个最短的时间段，只有在这个时间段不符合生理学的情况下才能确保平衡增长。只有Donachie模型的描述性版本能够正确预测细胞大小。对于维护，采用Herbert模型（生物量消耗的恒定比速率），对于底物吸收，采用Michaelis-Menten或Best方程。模拟器输出忠实地再现了所有输入参数。比较了维持率和摄取率与细胞质量或表面积成比例时的生长特征。作者提出了一种新的生长同步性通用度量方法，以量化由于细胞参数随机变化或空间异质性导致的同步性损失。最大摄取率的变化完全使模拟培养物失去同步，但体积-分割的变化没有。介绍了一种新的空间异质性度量方法：细胞所经历的底物浓度的标准偏差。空间异质性通过将人口细分为以不同速度同步增长的部分来降低人口增长的同步性。在空间异质性足够高的情况下，种群似乎完全是异步增长的。 主页： http://www.mybiosoftware.com/bacsim-simulator-braceal-growth.html 相关软件： 代理单元格;iDynoR公司;西拉默;神经元;SIRENE公司;UniProt公司;网络格式塔;KDDONTO公司;Protege公司;地理支持向量机;游戏;班比诺;UniHI公司;预SPI;nocoRNAc基因;生物网格;生物优化器;游戏;基因组;jCOLIBRI公司 引用于： 21文件 全部的 前5名52位作者引用 4 丹尼尔·洛佩兹 三 乔迪·费雷尔 三 安东尼·吉罗 三 克拉拉·普拉茨 2 朱迪思·阿米蒂奇。 2 Leah R.约翰逊。 2 菲利普·库马尔·梅尼 2 波特，S.L。 2 马库斯·丁达尔。 2 约阿金·瓦尔斯 1 罗伯特·比尔曼 1 马库斯·伯勒 1 安东尼奥·博利亚·阿尔贝罗 1 谢丽尔·布里格斯。 1 Kim M.库丁顿。 1 达库恩托，贝拉迪诺 1 戴德曼，P。 1 皮埃尔·德贡德 1 马克·德瓦塞勒（Marc Devocelle） 1 亚历山大·埃利特（Alexander E.Ehret）。 1 乔瓦尼·埃斯波西托 1 玛丽娜·费雷拉。 1 路易吉·弗伦佐 1 乔治·加格里亚 1 多明戈加加洛 1 玛尔塔·吉诺瓦特 1 安娜·格拉斯 1 希利，弗兰克 1 Ferdi L.Hellweger。 1 埃斯佩兰萨·埃雷罗斯 1 尼古拉·卡萨波夫。 1 基亚尼拉德，埃桑 1 拉克希米·马奇尼尼 1 玛泰伊·玛丽亚·罗萨里亚 1 迈克尔·赫曼（Michael E.Meyer-Hermann）。 1 塞巴斯蒂安·莫施 1 詹姆斯·墨菲。 1 范达纳南达穆里 1 费尔南多·阿伯克基·奥利维拉 1 帕瓦尔，第D段。 1 Pechaud，尤恩 1 安德烈·洛杉矶·佩纳。 1 弗朗西斯科·皮罗齐 1 阿尼尔·拉贾彭图尔 1 格诺特·沙勒 1 梅萨姆·索莱马尼 1 俄勒冈州图姆巴雷尔·阿兰达 1 乔姆·维达尔 1 Josep，Vives-Rego 1 雷·沃尔什 1 徐菲菲 1 彼得·尤季斯 全部的 前5名12篇连载文章中引用 8 理论生物学杂志 三 数学生物学通报 1 计算机与数学及其应用 1 应用力学与工程中的计算机方法 1 计算物理杂志 1 数学生物学杂志 1 物理A 1 模拟中的数学和计算机 1 理论种群生物学 1 计算力学 1 非线性分析。真实世界应用程序 1 Springer手册 全部的 前5名在12个字段中引用 18 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 数值分析（65-XX） 2 计算机科学（68至XX） 2 可变形固体力学（74-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 偏微分方程（35-XX） 1 凸和离散几何（52-XX） 1 概率论与随机过程（60-XX） 1 统计学（62-XX） 1 流体力学（76-XX） 1 统计力学，物质结构（82-XX） 1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX） 按年份列出的引文