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格拉帕

swMATH ID: 17255
软件作者: 唐继军;伯纳德·莫雷特(Bernard M.E.Moret)。
描述: 基于基因重排的系统发育重建线性规划。近几年来,由基因重排进行的系统发育重建引起了生物学家和计算机科学家越来越多的关注。重建中使用的方法包括基于距离的方法、使用基于序列的编码的简约方法和直接优化。后者由Sankoff率先提出,并由我们通过软件套件GRAPPA进行扩展,是最准确的方法,但由于其计分算法的运行时间随着基因组中基因的数量呈指数增长,因此仅限于小基因组。我们在这里报告了一种新方法,该方法使用一组线性约束来计算给定树分数的紧下界,这些约束是通过选择性应用三角形不等式生成的(本着GESTALT的精神)。我们的方法生成一个带有严格限制的约束数的整数线性规划,快速求解其松弛版本,并使用结果提供一个紧下限。由于该界限非常接近最优树得分,因此可以直接用作选择标准,从而使我们能够完全绕过昂贵的评分过程。我们在GRAPPA软件中实现了这种方法,并在生物和模拟数据集上进行了几系列实验,以评估其准确性。我们的结果表明,使用界作为选择标准可以生成优秀的树,错误率低于5
主页: 网址:https://www.cs.unm.edu/~莫雷特/GRAPPA/
相关软件: PAUP公司*;气体;快速树;RAxML公司;TSPLIB公司;莫帕尔;ASTRID公司;巴克;姆特雷米克斯;HyDe公司;星熊2;国际GTP;阿尔法;RAxML灯;UFBoot2;生物++;ExaBayes公司;ExaML考试;MulRF公司;MLGO公司
引用于: 11文件

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