snpQC公司 swMATH ID: 17243 软件作者： 塞德里克·贡德罗；Laercio R Porto‐Neto；李承桓（Seung Hwan Lee） 描述： snpqc–Illumina SNP基因分型阵列数据质量控制的R管道。在全基因组关联研究中，基因型的质量控制（QC）对于避免虚假结果非常重要。保持长期数据的完整性也很重要，特别是在进行基因分型的环境中（例如基因组育种值的估计）。这里我们讨论snpqc，这是一种对Illumina SNP阵列数据进行质量控制分析的全自动管道。它应用了广泛的通用质量指标和用户定义的过滤阈值，以生成全面的质量控制报告和过滤数据集，包括基因组关系矩阵，为进一步的下游分析做好准备，使其适合于在高通量环境中集成。snpqc还构建了一个数据库来存储基因型、表型和质量指标，以确保数据的完整性，并可以选择从后续运行中集成更多样本。该程序是跨物种和阵列设计的通用程序，在基因分型实验室和下游全基因组关联研究或基因组预测之间提供了方便的接口。 主页： http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/age.12198/full 依赖项： R（右） 相关软件： ShortRead（短阅读）；再加热；RGraphics公司；卢比；佩加斯；遥远的；生物导体；雪；R（右） 引用于： 1文件 由1位作者引用 1 塞德里克·贡德罗 连载1篇 1 使用R！ 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文