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阿拉伯国家石油公司

swMATH编号： 17200
软件作者： A.A.Margolin、I.Nemenman、K.Basso、C.Wiggins、G.Stolovitzky、R.D.Favera、A.Califano
描述： ARACNE：在哺乳动物细胞环境中重建基因调控网络的算法。背景：阐明基因调控网络对于理解正常细胞生理学和复杂病理表型至关重要。这种网络的全基因组“逆向工程”的现有计算方法仅在具有简单基因组的低等真核生物中获得成功。在这里，我们介绍了ARACNE，这是一种使用微阵列表达谱的新算法，专门设计用于扩展到哺乳动物细胞中调节网络的复杂性，但其通用性足以解决更广泛的网络反褶积问题。该方法使用信息论方法来消除由共表达方法推断的大多数间接交互作用。结果：我们证明，如果回路在网络拓扑中的影响可以忽略不计，ARACNE可以精确地（渐进地）重建网络，并且我们表明，该算法在实际中工作良好，即使存在大量回路和复杂拓扑。我们评估了ARACNE利用真实合成数据集和人类B细胞微阵列数据集重建转录调控网络的能力。在合成数据集上，ARACNE实现了非常低的错误率，并优于相关网络和贝叶斯网络等既定方法。应用于人类B细胞遗传网络的反褶积表明，ARACNE能够推断cMYC原癌基因的有效转录靶点。我们还研究了互信息错误估计对网络重建的影响，并表明基于互信息排序的算法对估计错误具有更强的弹性。结论：ARACNE有望识别哺乳动物细胞网络中的直接转录相互作用，这一问题对现有的逆向工程算法提出了挑战。这种方法应该能够增强我们使用微阵列数据来阐明细胞过程的功能机制以及识别哺乳动物细胞网络中药理化合物的分子靶点的能力。
主页： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-7-S1-S7
相关软件： 地雷;凯格;同步TReN;玻璃制品;GeneNetWeaver;R（右）;RegulonDB公司;SIRENE公司;TETRAD公司;生物网格;TRANSFAC公司;格尔姆奈特;丁戈;迁移率;WGCNA公司;G1DBN公司;紧缩;JASPAR公司;生物-PEPA;奎克
引用于： 34文件
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93位作者引用

2 安德烈·阿德罗德
2 陈洛南
2 佛罗伦萨德阿尔切布
2 克里斯托弗·恩格斯特伦
2 Grzegorczyk，马可·A。
2 德克·胡斯迈尔
2 帕特里克·约翰逊
2 李铁军
2 乔治·迈克利迪斯（George C.Michailidis）。
2 斯文·内兰德
2 阿德里安·拉弗瑞（Adrian E.Raftery）。
2 谢尔盖·西尔维斯特罗夫。
2 弗雷德里克·斯沃特林。
2 霍尔格·威沙普特
2 杨嘉怡
2 威廉·查德（William Chad Young）
1 阿吉马尔，哈姆达·B。
1 荒木，Dai
1 塞德里克·奥利亚克
1 大卫·巴丘
1 米开朗基罗Ceci
1 安东尼奥·塞拉尼
1 冠军，马加里
1 艾琳·康隆（Erin M.Conlon）。
1 朱卡·科兰德
1 马克·范·德·维尔
1 阿戈斯蒂诺·多维尔
1 克里斯蒂娜·杜隆
1 特伦斯·A·埃切尔斯。
1 范岳
1 费迪南多·菲奥雷托
1 玛丽·加林斯基。
1 吉安卡洛·拉斐尔
1 大卫·H·古特曼。
1 约翰·哈丁（Johanna S.Hardin）。
1 胡、刚
1 黄海燕
1 维安·胡恩·图恩
1 吉崎市卡巴西马
1 基兰·卡拉
1 尼古拉·卡萨波夫。
1 乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。
1 金大英
1 杰西卡·基辛格。
1 李静怡杰西卡
1 李乐信
1 利姆，内赫米
1 保罗·J·G·里斯本。
1 刘，彼得·小平
1 古列尔莫·卢利
1 迈克尔·麦登（Michael G.Madden）。
1 多纳托·马勒巴
1 玛丽亚·马丁内斯·巴列斯特罗斯
1 米莉，拉明
1 阿尔贝托·莫雷诺
1 Nepomuceno-Chamorro，Isabel A。
1 Okada-Hatakeyama，马里科
1 潘，袁
1 彭庆科
1 约翰·彭萨尔
1 梅州佩森
1 维克托·皮奇尼
1 吉安维托·皮奥
1 恩里科·蓬泰利
1 科拉多·波西耶里
1 弗朗西丝卡·普里西亚达罗
1 桑特里·普兰南
1 Rachel Wang，Y.X。
1 阿米·伊丽莎白·拉登斯卡娅
1 乔塔姆·雷迪
1 José-Cristobal，里克尔梅
1 西蒙·罗曼诺
1 马丁·罗马奇
1 吉多·桑吉内蒂
1 戴维·斯卡特罗
1 石继凡
1 施润东
1 斯提琴斯基，马克·P·。
1 安德鲁·理查德·特尔
1 菲利波·乌特罗
1 van Wieringen，Wessel N。
1 马西莫·弗加索拉
1 Verspoor，卡琳
1 马蒂厄·维格内斯
1 阮宣荣
1 王世宏
1 王，肖
1 魏，郑
1 乔·惠塔克
1 吴一冲
1 徐英英
1 尹伟伟
1 赵、胡安
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24篇连载文章中引用

4 遗传学和分子生物学中的统计应用
三 数学生物科学
三 机器学习
2 计算统计学
2 分子生物学方法
1 离散应用数学
1 统计物理杂志
1 数学生物学通报
1 Automatica公司
1 信息科学
1 计算机与系统科学杂志
1 统计科学
1 计算统计与数据分析
1 美国计算机学会模型和计算机仿真汇刊
1 非线性科学与数值模拟中的通信
1 应用概率的方法与计算
1 统计建模
1 数学生物科学与工程
1 医学中的计算和数学方法
1 电子统计杂志
1 科学中国。数学
1 统计与计算
1 计算机科学评论
1 Springer手册
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在12个字段中引用

21 生物学和其他自然科学（92-XX）
15 统计学（62-XX）
5 计算机科学（68至XX）
4 运筹学、数学规划（90-XX）
2 总体主题；集合（00-XX）
2 组合数学（05-XX）
2 概率论与随机过程（60-XX）
2 信息与通信理论、电路（94-XX）
1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX）
1 数值分析（65-XX）
1 博弈论、经济学、金融和其他社会和行为科学（91-XX）
1 系统论；控制（93至XX）

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