Enrichr公司 swMATH ID: 17198 软件作者： E.Y.Chen、C.M.Tan、Y.Kou、Q.Duan、Z.Wang、G.V.Meirelles、N.R.Clark、A.Ma'ayan、， 描述： Enrichr：交互式和协作HTML5基因列表富集分析工具。背景：哺乳动物细胞中基因和蛋白质的全系统分析产生了差异表达的基因/蛋白质列表，需要进一步分析它们的集体功能，以便提取新知识。一旦从这些实验中生成了无偏见的基因或蛋白质列表，这些列表将被用作输入，以计算从组织到基因集库中的先前知识创建的现有列表的丰富性。虽然已经开发了许多浓缩分析工具和基因库数据库，但仍有改进的余地。结果：在这里，我们介绍了Enrichr，这是一个集成的基于web的移动软件应用程序，其中包括新的基因集库、对丰富术语进行排序的替代方法，以及使用JavaScript库数据驱动文档（D3）显示丰富结果的各种交互式可视化方法。该软件还可以嵌入到任何执行基因列表分析的工具中。我们应用Enrichr分析了9个癌细胞系，将其富集特征与匹配正常组织的富集特征进行了比较。我们观察到多梳组PRC2的上调和组蛋白标记H3K27me3在许多癌症细胞系中的富集，以及与正常髓系CD33+细胞相比，K562细胞中Toll样受体和白介素信号的改变。这种分析提供了正常组织和癌细胞系之间关键差异的全局可视化，但也可以应用于许多其他情况。结论：Enrichr是一个易于使用的直观丰富分析网络工具，提供了各种类型的基因列表集体功能的可视化摘要。Enrichr是开放源码的，可在线免费获取，网址为：http://amp.pharm.mss.edu/Encrichr。 主页： http://amp.pharm.mss.edu/Encrichr/ 相关软件： 生物导体;R（右）;COHCAP公司;IMA公司;KEGG公司;Rn珠子;mCSEA公司;bn学习;CGBayes网络;JASPAR公司;TRANSFAC公司;阿拉伯国家石油公司;TRANSWESD公司;地雷;RSEM（RSEM）;DEseq公司 引用于： 2文件 全部的 前5名11位作者引用 1 罗谢尔·布芬斯坦 1 陈明辉 1 乔纳森·杰尔芬德。 1 马修·希布斯 1 约瑟夫·乔治·易卜拉欣 1 肖恩·基纳汉 1 凯特琳·刘易斯 1 阿德里安·拉弗瑞（Adrian E.Raftery）。 1 孙伟 1 杨嘉怡 1 威廉·查德（William Chad Young） 2篇连载文章中引用 1 遗传学和分子生物学中的统计应用 1 数学生物科学与工程 在2个字段中引用 2 统计学（62-XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文