PCAP公司 swMATH ID: 17185 软件作者: Huang,X.,Wang,J.,Aluru,S.,Yang,S.P.,Hillier,L。 描述: PCAP:一个全基因组组装程序。我们描述了一个名为PCAP的全基因组汇编程序,用于处理数千万次读取。PCAP程序具有多个功能来解决装配中的效率和精度问题。多个处理器用于在汇编中执行最耗时的计算。使用更敏感的方法来避免因排序错误导致的重叠丢失。读取的重复区域是根据与其他读取的许多重叠来检测的,而不是根据与其他阅读的许多较短单词匹配来检测的。识别并移除受污染的读取端区域。contig共识序列的生成基于contig中读取的对齐,其中基本质量值和覆盖信息用于确定每个共识基础。PCAP程序在3000万读取的小鼠全基因组数据集和170万读取的人类20号染色体数据集上进行了测试。该程序可免费用于学术用途。 主页: http://genome.cshlp.org/content/13/9/2164.short 相关软件: ClustalW公司;PAML公司;菲利普;JBROWSE公司;InterProScan公司;制造商;EasyGene公司;YACOP公司;片段基因扫描;AVID公司;BLAT(爆炸);肌肉;DIALIGN公司;MAFFT公司;集群;RDP2号机组;PhyloBayes 3;分区查找器;克里蒂卡;TICO公司 引用于: 3文件 3位作者引用 1 Axelson-Fisk,玛丽娜 1 乔纳森·基思。 1 夏旭华 2篇连载文章中引用 1 计算生物学 1 分子生物学方法 在4个字段中引用 三 生物学和其他自然科学(92-XX) 1 总体主题;集合(00-XX) 1 概率论与随机过程(60-XX) 1 运筹学、数学规划(90-XX) 按年份列出的引文