异族

真核生物外显基因编码框架。背景:在真核生物基因组DNA中准确、自动的基因识别对于有效地开发大量可供人类利用的基因组序列具有重要意义。自动化方法一直被认为不如人类的专业知识可靠。这在EGASP项目中得到了说明,在该项目中,所有自动方法都是根据参考注释生成的,并经过实验验证。我们假设,在一种自动的方法中复制人类注释器的准确性可以通过以数学形式形式化他们使用的规则和决策来实现。结果:我们开发了Exogean,一个基于有向无环彩色多图(DACMs)的灵活框架,可以表示生物对象(如mRNA、est、蛋白质序列、外显子)及其相互关系。图被分析以根据复制人类注释者使用的规则来处理信息。简单的单个起始对象作为外显子的输入,因此被组合并合成为复杂的对象,例如蛋白质编码转录本。从基因编码的角度来看,我们至少可以从基因编码的角度得出结论:基因编码至少是人类基因编码的最佳方法。我们讨论了该方法目前的局限性和改进的几种途径。


zbMATH中的参考文献(参考 2篇文章 引用)

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  1. Picardi,Ernesto(编辑):RNA生物信息学(2015)
  2. 面向Grazicolo的大规模数据聚类;面向Pigardia-fast;Big-EastOne伊波尔特