RNAplex公司

RNAplex:一种快速的RNA-RNA相互作用搜索工具。动机:调节性RNA通常通过RNA-RNA相互作用来发挥作用。siRNAs和miRNA对转录基因的沉默以及snoRNA指导的RNA编辑依赖于这一机制。另外,细菌中ncRNA的调控主要是基于RNA双链的形成。寻找新发现的ncrna的目标位点是一项漫长的任务,因为像RNAcofold和RNAup这样的共折叠RNA分子的工具对于全基因组搜索来说太慢了。尽管它忽略了分子间的相互作用。在许多情况下,仍然需要更快的方法。结果:我们提出了一个新的程序,RNAplex,专门设计用来在大型RNA数据库中快速找到查询RNA的可能杂交位点。RNAplex使用了一种稍微不同的能量模型,与RNAhybrid相比,它将计算时间减少了10-27倍。此外,长度惩罚允许将目标搜索集中在短时间的高度稳定的交互作用上。可用性:RNAplex可从http://www.tbi.univie.ac.at/htafer下载/


zbMATH参考文献(参考 4篇文章 参考)

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按年份排序(引用)

  1. Picardi,Ernesto(编辑):RNA生物信息学(2015)
  2. Montaseri,Soheila;Moghadam Charkari,Nasrollah;Zare Mirakabad,Fatemeh:RNA-RNA相互作用预测的启发式方法(2012)
  3. Mückstein,Ulrike;Leparc,Germanán G;Posekany,Alexandra;Hofacker,Ivo L.;Kreil,David P.:nimblegen微阵列的杂交热力学(2010)ioport公司
  4. Tafer,Hakim;Hofacker,Ivo L.:Rnaplex:RNA-RNA相互作用搜索的快速工具。(2008年)ioport公司