核糖核酸钠

RNAspa:比较预测ncRNA分子二级结构的最短路径方法。背景:近年来,未翻译成蛋白质的RNA分子(ncrna)引起了广泛的关注,因为它们参与了许多细胞功能。ncRNA最重要的计算问题之一是从序列中预测分子的二级结构。特别是,我们试图预测一组未对齐的ncRNA分子的二级结构,这些分子来自同一个家族,因此可能具有相似的结构。结果:我们开发了RNAspa程序,可以比较准确地预测一组ncRNA分子的二级结构。我们观察到,在维也纳一揽子计划的RNASOPT计划提供的几百个次优最小自由能(MFE)预测列表中,可能至少有一个建议的结构与真实、正确的结构相似。每个分子的次优解在图中用一层顶点表示。图中最短路径是分子结构预测的基础。我们还表明,RNA二级结构可以通过一个简单的字符串编辑距离算法以最小的精确度损失非常迅速地进行比较。我们表明,这种方法使我们能够更深入地探索次优结构空间。结论:该算法在Rfam数据库中的三个ncRNA家族中进行了测试。这些数据集允许将算法与其他方法进行比较。在这些测试中,RNAspa的表现比其他四个程序好。


zbMATH中的参考文献(参考文献第2条)

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  1. Picardi,Ernesto(编辑):RNA生物信息学(2015)
  2. 霍雷什,耶;多尼格,提尔扎;迈克尔,舒拉米特;Unger,Ron:Rnaspa:ncrna分子二级结构比较预测的最短路径方法(2007)ioport公司