R-咖啡 swMATH ID: 17130 软件作者： Wilm A、Higgins DG、Notredame C 描述： R-Coffee：一种非编码RNA多重比对的方法。R-Coffee是一种源自T-Coffee的多重RNA比对软件包，用于在利用二级结构信息的同时对齐RNA序列。R-Coffee使用路线取芯方案，该方案将二级结构信息纳入路线中。它作为校准改进剂效果特别好，可以与任何现有的序列校准方法相结合。在这项工作中，我们使用R-Coffee结合序列比对器和结构比对器的成对输出来计算多个序列比对。我们证明R-Coffee可以提高所有序列比对器的准确性。我们还表明，T-Coffee基于一致性的成分可以提高几个结构对准器的精度。在388个BRAliBase参考数据集和11个更长的Cmfinder数据集上对R-Coffee进行了测试。总之，我们的结果表明，对齐短序列（小于200 nt）的最佳方案是将R-Coffee与RNA成对结构对准剂Consan结合。我们还表明，四个最佳序列比对程序与R-Coffee的同时组合产生的比对几乎与R-Coffee/Consan获得的比对一样准确。最后，我们表明R-Coffee也可以用于校准超出结构校准器通常范围的较长数据集。R-Coffee可从T-Coffee网站（www.tcoffee.org）免费下载，并提供文档。 主页： http://www.tcoffee.org/ 相关软件： 碳纳米管;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器;勺;战争;PatSearch（补丁搜索）;NGS QC工具包 引用于： 1文件 1位作者引用 1 埃内斯托·皮卡迪 连载1篇 1 分子生物学方法 在2个字段中引用 1 总体主题；集合（00-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文