IP结 swMATH ID: 17124 软件作者： 佐藤K、加藤Y、滨田M、阿克苏T、浅井K 描述： IPknot：使用整数编程快速准确地预测带有伪结的RNA二级结构。动机：在许多功能RNA的二级结构中发现的假结在生物过程中发挥着各种作用。最近预测RNA二级结构的方法涵盖了某些类别的假结结构，但只有少数方法在速度和准确性方面取得了令人满意的预测。结果：我们提出了IPknot，这是一种基于最大化预测结构的预期精度来预测RNA二级结构的新计算方法。IPknot将一个伪结结构分解为一组无伪结子结构，并近似考虑伪结的基本概率分布，从而能够建模广泛的伪结并快速运行。此外，我们还提出了一种启发式算法来细化基本路径概率，以提高IPknot的预测精度。采用带阈值切割的整数规划方法解决了期望精度最大化问题。我们还扩展了IPknot，以便在给定多序列比对时，它可以预测带有伪结的一致二级结构。通过对不同数据集的大量实验，验证了IPknot的有效性，表明与几种竞争性预测方法相比，IPknot具有更好的预测精度和更快的运行时间。可用性：IPknot的程序可在网址：http://www.ncrna.org/software/ipnot/。IPknot也可以作为web服务器在http://rna.naist.jp/ipknot/。 主页： http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/27/13/i85.short 相关软件： jViz公司。雷纳（Rna）;百万倍;github;ARB公司;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;维也纳RNA;标签清洁剂;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司;PolyA_DB公司;ASPicDB公司;生物城;Astex查看器;勺 引用于： 3文件 全部的 前5名11位作者引用 1 彼得·克洛特（Peter G.Clote）。 1 斯特凡·多布雷夫 1 伊万·多图 1 霍斯纳·贾巴里 1 埃文格洛斯·康斯坦蒂努·克拉纳基斯 1 克里赞克，丹尼 1 蒙特马格诺（Carlo D.Montemagno）。 1 埃内斯托·皮卡迪 1 Urrutia Galicia，Jorge L。 1 伊恩·沃克 1 威尔，塞巴斯蒂安 2篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 分子生物学方法 全部的 前5名在6个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 一般性和全局性主题；集合（00-XX） 1 组合数学（05-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文