质心对齐

CentroidAlign:通过最大化期望对数的总和来快速准确地定位结构化rna。由于对非功能性RNA序列的准确预测和快速编码的重要性,最近的研究发现。最近的研究表明,最大限度地提高预测的预期精度对于生物信息学中的许多问题是有用的。结果:基于最大化预测精度,我们设计了一种新的结构rna多比对估计器。首先,我们定义了RNA序列成对比对的最大期望准确度(MEA)估计量。这使得通过边缘化Sankoff模型给出的线形概率分布下,预测线形的期望对分数之和(SPS)最大化。然后,通过对MEA估计量的逼近,得到了时间复杂度为O(L3+c2dL2)的估计量,其中L是输入序列的长度,c和d都是与L无关的常数。该估计器将所有二级结构和所有成对比对作为输入序列,可以处理生物信息学中的二级结构和比对的不确定性。此外,我们将路线上的概率一致性变换(PCT)整合到所提出的估计器中。利用6个基准数据集进行的计算实验表明,该方法获得了良好的SPS,是目前许多用于结构rna多重比对的最快工具。可用性:名为CentroidAlign的软件是本文中算法的一个实现,可在我们的网站上免费获得:http://www.ncrna.org/software/centroidalign/。


zbMATH中的参考文献(参考文献2条)

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  1. Picardi,Ernesto(编辑):RNA生物信息学(2015)
  2. 滨田,弥崎;佐藤,剑阁;麒麟、海三里;三山、头台;Asai,Kiyoshi:Centroidalign:通过最大化预期对数总和的方法快速准确地定位结构化RNA(2009)ioport公司