CONTRAfold公司 swMATH ID: 17117 软件作者： Do CB、Woods DA、Batzoglou S 描述： 几十年来，自由能最小化方法一直是单序列RNA二级结构预测的主导策略。最近，随机上下文无关文法（SCFGs）已成为建模RNA结构的另一种概率方法。基于物理的方法依赖数千个实验测量的热力学参数，与此不同，SCFG使用全自动统计学习算法推导模型参数。然而，尽管有这一优势，概率方法并没有取代自由能最小化方法作为二级结构预测的选择工具，因为当前最佳SCFG的精度尚未与基于物理的最佳模型的精度相匹配。CONTRAfold是一种基于条件对数线性模型（CLLMs）的新型二级结构预测方法，CLLMs是一类灵活的概率模型，它通过使用判别训练和特征丰富评分对SCFGs进行了推广，CONTRAfold实现了迄今为止最高的单序列预测精度，优于当前可用的概率和基于物理的技术。因此，我们的结果缩小了概率模型和热力学模型之间的差距，表明统计学习程序为RNA二级结构预测提供了热力学参数经验测量的有效替代方法。 主页： http://conta.stanford.edu/contafold/ 相关软件： 法国皇家医学会;百万倍;维也纳RNA;RNA结构;Clustal X公司;ClustalW公司;RNA形状;Pfold（折叠）;Cd命中;碳纳米管;EMBOS公司;最小值;埃米尔吉;标签清理器;OligoWalk公司;最优RNAi;阿斯塔拉维斯塔;预GPI;SPEPlip公司;BaCelLo公司 引用于： 7文件 全部的 前5名18位作者引用 三 罗尔夫·巴科芬 三 德克尔·特苏尔 2 Gad M.兰道。 2 马蒂亚斯·莫尔 2 奥伦·魏曼 1 唐纳德·阿杰罗。 1 理查德·比尔 1 Dimitri Panteli贝尔塞卡斯 1 埃尔南多·德尔·波蒂略。 1 阿兰·米切尔·达勒姆 1 刘梦汉 1 阿丽亚娜·马查多·利马 1 朱利亚·佩德里利 1 埃内斯托·皮卡迪 1 埃里克·波普莱顿 1 彼得·什乌尔克 1 沙伊·扎科夫 1 米查尔·齐夫·尤克尔森 5篇连载文章中引用 2 离散算法杂志 1 数学生物学杂志 1 理论计算机科学 1 信息计算杂志 1 分子生物学方法 在5个字段中引用 6 生物学和其他自然科学（92-XX） 4 计算机科学（68至XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文