RN验证 swMATH ID: 17116 软件作者： Bernhart SH、Hofacker IL、Will S、Gruber AR、Stadler PF 描述： RNAlifold：改进了对RNA比对的一致性结构预测。背景：预测一组相关RNA的共识结构是后续分析的重要第一步。RNAlifold计算由一组对齐序列同时形成的最小能量结构，是完成这项任务最古老、使用最广泛的工具之一。近年来，有人提出了几种替代方法，指出了原始RNAlifold方法的一些缺点。结果：我们表明，通过引入不同的、更合理的比对间隙处理，以及用更复杂的类似RIBOSUM的评分矩阵替换相当简单的协方差评分模型，可以显著提高RNAlifold预测的准确性。这些改进是在不影响算法计算效率的情况下实现的。我们在这里表明，新版本的RNAlifold不仅优于旧版本，而且在不同数据集上还优于最近开发的其他几个工具。结论：新版本的RNAlifold不仅可以在几乎所有应用中取代旧版本，而且还与其他方法（包括基于SCFG、最大期望精度或层次最近邻分类器的方法）竞争。 主页： http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/1471-2105-9-474 相关软件： 法国皇家医学会；CompaRNA公司；MODENA（莫德纳）；快速排序；iLoc-Euk公司；中心Alifold；MARNA公司；TurboFold公司；ARB公司；浮雕；最小值；埃米尔吉；维也纳RNA；标签清理器；OligoWalk公司；最优RNAi；阿斯塔拉维斯塔；预GPI；SPEPlip公司；巴塞尔洛 引用于： 3文件 全部的 前5名7位作者引用 1 傅浩跃 1 托马斯·加特 1 罗伯特·吉格里奇 1 埃内斯托·皮卡迪 1 塞德里克·索勒 1 杨连平 1 张向德 3篇连载文章中引用 1 算法 1 理论生物学杂志 1 分子生物学方法 在4个字段中引用 2 计算机科学（68至XX） 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 总体主题；集合（00-XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文