普罗夫瓦尔

预测蛋白质中的柔性和刚性残基。摘要:蛋白质表面残基的流动性与其功能密切相关。因此,识别极为坚硬或柔韧的表面残基可以为解决识别蛋白质中重要功能残基的复杂问题提供重要的信息。迁移率通常由高分辨率三维X射线结构的B值数据来测量。很少有方法从序列中预测B值。这里,我们介绍PROFbval,第一个从氨基酸序列预测标准化B值的web服务器。服务器处理氨基酸序列(或对齐)作为输入和输出标准化B值和两状态(灵活/刚性)预测。服务器还为每个预测分配一个可靠性指标。例如,PROFbval正确地将酶表面活性部位的残基识别为特别坚硬。可利用性:http://www.rostlab.org/services/profbval


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  1. 卡鲁戈,奥利维耶罗(编辑);艾森哈伯,弗兰克(编辑):《生命科学的数据挖掘技术》(2016)
  2. 施莱辛格,艾弗纳;亚奇达夫,伙计;Rost,Burkhard:Profbval:预测蛋白质中的柔性和刚性残基(2006)ioport公司