HTSeq公司

HTSeq–一个用于处理高吞吐量排序数据的Python框架。动机：在分析高通量测序（HTS）数据时，许多标准任务都有大量的工具可供选择。然而，一旦项目偏离了标准工作流，就需要定制脚本。结果：我们提出了HTSeq，一个Python库，以促进此类脚本的快速开发。HTSeq为HTS项目中的许多常见数据格式提供解析器，以及表示诸如基因组坐标、序列、测序读取、比对、基因模型信息、变体调用等数据的类，并提供允许通过基因组坐标进行查询的数据结构。我们还介绍了htseq count，一个用htseq开发的工具，通过计算读取与基因的重叠来预处理RNA-Seq数据以进行差异表达分析。可用性：HTSeq是根据GNU通用公共许可证发布的开源软件，可从http://www-huber.embl.de/HTSeq或者从Python包索引https://pypi.python.org/pypi/HTSeq。

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zbMATH中的参考文献（参考文献8条)

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  1. 达达内，锡亚马克·扎马尼；钱小宁；周明远：BNP-seq：序列计数数据的贝叶斯非参数差异表达分析（2018）
  2. Wélliton de Souza，Benilton de SáCarvalho，Iscia Lopes Cendes:Rqc:高通量测序数据质量控制的生物导体包（2018）不是zbMATH
  3. Wolff，Alexander:通过开发新一代测序数据的方法分析表达谱和基因变异（2018）
  4. 费萨尔，沙赫拉；Tutz，Gerhard：定制最近邻基因表达数据缺失值插补（2017）
  5. 木瓜属，泛甲管炎；Rattray，Magnus:根据RNA序列数据对差异转录使用的贝叶斯估计（2017）
  6. 卡鲁戈，奥利维耶罗（编辑）；艾森哈伯，弗兰克（编辑）：《生命科学的数据挖掘技术》（2016）
  7. 克虏伯，约琴；克莱默，弗兰克；蒂姆·贝巴思；Jung，Klaus：高通量测序或蛋白质组学实验中特征子集相关计数数据的模拟框架（2016）
  8. 数学，Ewy（编辑）；戴维斯，肖恩（编辑）：统计基因组学。方法和方案（2016）