赋格曲

赋格:序列结构同源性识别使用环境特定的替代表和结构依赖的差距惩罚。FUGUE是一个通过序列结构比较识别远缘同源物的程序(http://www cryst.bic.cam.ac.uk/FUGUE/),它有三个主要特点。(1) 改进了特定于环境的替代表。蛋白质结构中氨基酸的取代受其局部结构环境的限制,可以根据二级结构、溶剂可及性和氢键状态来定义。环境特定的替代表来自HOMSTRAD数据库(http://www cryst.bic.cam.ac.uk/HOMSTRAD/)中的结构比对。(2) 自动选择匹配算法与详细的结构相关的间隙惩罚。FUGUE使用全局局部算法来对齐长度相差很大的序列结构对,在其他情况下使用全局算法。根据溶剂可及性、相对于二级结构单元的位置以及结构单元的守恒性,确定了结构每个位置的间隙惩罚。(3) 来自多个序列和多个结构的组合信息。赋格的目的是将多个序列与多个结构进行比对,以丰富守恒/变异信息。我们证明这三个关键特征在赋格曲中的结合提高了同源性识别性能和比对精度。


zbMATH中的参考文献(参考 9篇文章 参考)

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