双鱼座

双鱼座:蛋白质序列筛选服务器。摘要:双鱼座是一个公共服务器,用于根据序列标识和结构质量标准从蛋白质数据库(PDB)中筛选蛋白质序列集。双鱼座可以提供从整个PDB或者从用户提供的PDB条目或链的列表中挑选出来的列表。序列恒等式是通过PSI-BLAST比对获得的,该比对矩阵来自非冗余蛋白质序列数据库。因此,双鱼座提供了比使用BLAST的服务器更好的列表,BLAST无法识别低于40%序列标识的许多关系,并且常常通过仅对齐保存良好的片段来高估序列标识。PDB序列每周更新一次。双鱼座还可以挑选用户提供的非PDB序列作为GenBank标识符列表、FASTA格式文件或BLAST/PSI-BLAST输出。可用性:服务器位于http://www.fccc.edu/research/labs/dunbrack/pisces


zbMATH参考文献(参考 31篇文章

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