Decon2LS公司 swMATH ID: 16610 软件作者： Jaitly，N.等人。 描述： Decon2LS：一个开源软件包，用于高分辨率质谱数据的自动处理和可视化。背景：基于液相色谱和高分辨率质谱（LC-MS）的生物样品研究产生的数据可能包含大量蛋白质、肽和代谢物形式的重要生物信息。解释这些数据需要推断注入仪器的生物分子的质量和丰度。由于这些生物分子产生的质谱模式固有的复杂性，通过使用可视化功能来检查和确认结果，可以显著增强分析。在本文中，我们描述了Decon2LS，一个用于高分辨率MS数据自动处理和可视化的开源软件包。Decon2LS广泛借鉴了过去十年为ICR2LS开发的算法，将这些算法打包为一组丰富的模块化、可重复使用的处理类，用于执行各种功能，如读取原始数据、常规峰值发现、理论同位素分布建模和脱同位素。因为源代码是公开的，所以现在可以使用这些功能以相对快速的方式构建派生应用程序。此外，Decon2LS还提供了一套广泛的可视化工具，如高性能图表控件。结果：Decon2LS具有多种选项，包括峰值处理、去同位素、同位素组成等，支持处理多种原始数据格式。可以对单个扫描、单个数据集或使用批处理的多个数据集执行去同位素。其他处理选项包括创建质量和液相色谱（LC）洗脱时间特征的二维视图，为串联质谱数据生成光谱文件，创建总强度色谱图，以及可视化理论肽谱。应用Decon2LS对不同仪器获得的不同数据集进行去同位素分析，产生了大量特征，可用于识别和量化生物样品中的肽。结论：Decon2LS是一个高效的软件包，用于发现和可视化需要自动解释质谱的蛋白质组学研究中的特征。除了易于使用、快速和可靠外，Decon2LS也是开源的，它允许蛋白质组学和生物信息学社区的开发人员重用和改进算法，以满足个人需求。Decon2LS源代码、安装程序和教程可在http://http:/ncrr.pnl.gov/software/。 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19292916 相关软件： 掏屁客；马塞斯坦；NITPICK公司；开放式多功能操作系统；雅达；品尼高（Pinnacle）；古滕标签；串联 引用于： 2文件 全部的 前5名11位作者引用 1 戈登·安德森（Gordon A.Anderson）。 1 米夏·亚历山大·恰赫 1 阿兰·达布尼。 1 安娜·甘宾 1 尤利娅五世（Yuliya V.Karpievitch）。 1 斯兹蒙·马杰夫斯基 1 Miasojedow，Błażej 1 万达尼米斯卡 1 阿育王·D·波尔皮提亚。 1 理查德·史密斯。 1 米查·斯塔特克 连载1篇 1 应用统计学年鉴 在2个字段中引用 2 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 统计学（62-XX） 按年份列出的引文