马特利普

matLeap:一个适用于贝叶斯推理的快速自适应Matlab-ready-tau-leap实现。背景:化学反应网络模型中的物种丰度分布通常不能用解析方法计算。相反,随机模拟算法允许从系统配置中取样。虽然已经描述了许多算法,但是还没有为{au}跳跃提供快速实现,i)与Matlab兼容,ii)SSA、隐式和显式{au}跳跃之间的自适应交替,以及iii)提供贝叶斯推理所需的汇总统计。结果:我们提供了一个与Matlab兼容的adap-explicit-implicit{au}-leapping算法的Matlab兼容实现,以解决上述缺陷。与两个广泛使用的模拟软件包相比,matLeap在保持精度的同时,提供了相等或更快的结果。最后,matLeap得到了其他方法无法获得的随机过程的统计信息,这是贝叶斯推理的必要条件。结论:matLeap解决了现有的与Matlab兼容的随机模拟软件的不足之处,提供了显著的加速比和汇总统计数据,这对使用基于粒子滤波的贝叶斯推断方法的研究人员特别有用。代码可从以下https网址下载:justin.feigelman@imsb.biol.ethz.ch

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  1. Justin Feigelman,Stefan Ganscha,Manfred Claassen:matLeap:一种适用于贝叶斯推理的快速自适应Matlab ready tau跳跃实现(2016)阿尔十四