薄荷 swMATH ID: 16407 软件作者： A.Górska、M.Jasiánski、J.Trylska 描述： MINT：识别核酸轨迹中的基序和短程相互作用的软件。结构生物学实验和结构预测工具提供了许多高分辨率的三维核酸结构。此外，分子动力学力场参数已被用于在微秒时间尺度上模拟带电和柔性核酸结构。因此，我们可以生成DNA或RNA分子的动力学，但我们仍然缺乏足够的工具来分析产生的大量数据。我们提出了MINT（核酸轨迹的Motif Identifier for Nucleic acids Trajectory）——一种分析RNA和DNA三维结构及其全原子分子动力学轨迹或其他构象集（例如X射线或核磁共振衍生结构）的自动工具。对于每个RNA或DNA构象，MINT确定了氢键网络，用于解析碱基配对模式，识别二级结构基序（螺旋、连接、环等）和假结。MINT还估计了堆叠和磷酸盐-阴离子-碱相互作用的能量。对于许多构象，如在分子动力学轨迹中，MINT提供了上述结构和能量特征及其演化的平均值。我们基于30S核糖体亚基的全原子显式溶剂分子动力学轨迹展示了MINT功能。 主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/05/28/nar.gkv559.short 相关软件： 供应商管理部；瓦尔纳；琥珀色 引用于： 1文件 2位作者引用 1 玛尔塔·库利克 1 乔安娜·特里斯卡 连载1篇 1 RAIRO公司。运筹学 在1个字段中引用 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文