LS-VISM公司

LS-VISM:生物分子溶剂化分析软件包。我们介绍了一个分析生物分子溶剂化的软件包。该软件包收集实现变分隐式溶剂模型(VISM)数值方法的计算机代码。该软件包的输入包括所考虑的生物分子的原子数据以及溶质-溶剂表面张力、体积溶剂密度和离子浓度以及介电系数等宏观参数。输出包括估计的溶剂化自由能和最佳宏观溶质-溶剂界面,这些界面是通过最小化包围溶质原子的所有可能的溶质-溶剂界面之间的VISM溶剂化自由能函数得到的。我们回顾了VISM与各种各样的静电描述。我们也回顾了我们的数值方法,主要包括松弛VISM自由能泛函的levelset方法和介电Poisson-Boltzmann方程的紧耦合界面方法。这些数值方法和算法构成了软件包的核心模块。详细介绍了软件包的结构、输入输出文件的格式、代码的工作流程以及输出数据的后处理。我们在主客体系统上的演示应用说明了如何使用该软件包对生物分子进行溶剂化分析,包括配体-受体结合系统。该软件包在最小可调参数方面简单灵活,应用范围广。包装应用的未来扩展可以包括蛋白质表面配体结合囊的有效识别。©2015威利期刊公司。