巴普雷 swMATH ID: 15791 软件作者： 罗曼·霍农（Roman Hornung），大卫·考瑟（David Causeur） 描述： R包bapred。处理批处理效果的各种工具，特别是能够消除预测场景中训练集和测试集之间的差异。此外，还实现了附加分位数归一化和附加RMA归一化（Kostka&Spang，2008），以将分位数归一步骤集成到预测规则中。实现了以下批量效应消除方法：FAbatch、ComBat、（f）SVA、平均值间隔、标准化、Ratio-A和Ratio-G。对于每种方法，我们都提供了一个额外的函数，可以在独立的批次中实现后验（“附加”）批量效应消除（“测试数据”）。在这里，（已经批量调整的）训练数据没有改变。为了评估批量效应调整的成功性，提供了几个指标。此外，该软件包使用主成分分析实现了批次效果可视化的绘图。批量效果调整包的主要功能是ba（）和baaddon（），分别使用上述七种方法之一启用批量效果删除和插件批量效果删除。这里的另一个重要函数是bametric（），它是所有已实现方法的包装函数，用于评估批处理效果删除的成功性。对于（附加）分位数规范化和（附加）RMA规范化，可以使用函数qunormant（）、qunormaddon（）、rmatrain（）和rmaaddon（）。 主页： https://cran.r-project.org/web/packages/bapred/index.html 源代码： https://github.com/cran/bapred 依赖项： R（右） 关键词： CRAN（起重机）;R包;批处理效果;加载项规范化;表型预测;基因数据 引用于： 0个文档