塞浦路斯 swMATH ID: 15373 软件作者： 小野庆一郎、坦尼娅·穆泽、乔治·科利舍夫斯基、保罗·香农、巴里·德姆查卡 描述： CyREST：通过RESTful API对外部工具进行涡轮增压Cytoscape访问。随着生物信息工作流程变得越来越复杂，并涉及多种专用工具，可靠地重现这些工作流程的难度也越来越大。Cytoscape是执行网络可视化、分析和发布任务的关键工作流组件，但只能通过点击式用户界面手动操作。因此，面向Cytoscape的任务非常费力，并且经常容易出错，尤其是涉及许多网络的多步骤协议。在本文中，我们介绍了新的cyREST Cytoscape应用程序和配套的协调库。总之，它们通过支持流行语言（例如Python和R、JavaScript和C#）和工具（例如IPython/Jupyter笔记本和RStudio）来直接定义和查询网络，并执行网络分析、布局和渲染，从而提高了工作流的再现性和研究人员的工作效率。我们描述了cyREST的API和总体结构，并给出了基于Python和R的示例，以说明如何将Cytoscape集成到大规模数据分析管道中。cyREST在Cytoscape应用程序商店中提供(http://apps.cytoscape.org)自2014年末发布以来，该软件已被下载1900多次 主页： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC467004/ 关键词： 工作流；再现性；细胞景观；面向服务的体系结构；互操作性；休息；资源导向开发；微服务 引用于： 0个文档