泊松序列

R包PoissonSeq:基于Poisson对数线性模型的序列数据显著性分析。这个软件包实现了一种对RNA测序数据进行标准化、测试和错误发现率估计的方法。该方法的描述见Li J,Witten DM,Johnstone I,Tibshirani R(2012)。RNA测序数据的标准化、测试和错误发现率估计。生物统计学13(3):523-38。我们使用一种新的基于Poisson拟合优度统计的方法来估计实验的排序深度,在Poisson-log线性模型的基础上计算得分统计量,然后使用改进的置换插件方法估计错误发现率。更详细的说明和样本数据可在http://www.stanford.edu/junli07/research.html上找到。在这个版本中,我们改变了计算两个类数据的log foldchange的方法。FDR估计部分保持不变。

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