哈普林

Haplin:用SNP单倍型分析病例-亲本三联体和/或病例对照数据。使用多个标记对病例-亲本三联体(trio)数据进行遗传关联分析。它还可以合并完整或不完整的控制三元组,例如独立的控制子级。估计是基于单倍型,例如SNP单倍型,即使阶段不知道从遗传数据。Haplin估计与每个单倍型相关的相对风险(RR+conf.int.)和p值。它使用最大似然估计来优化使用来自缺失基因型数据的三联体的数据,例如,如果某些个体的某些snp没有被类型化。Haplin还允许估计母体单倍型的影响和母体起源的影响,特别适用于围产期流行病学。Haplin允许在X染色体上安装特殊的模型,比如X-失活。GxE分析允许测试环境和所有估计的遗传效应之间的相互作用。

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