密码子 swMATH编号： 15173 软件作者： 安妮·康登（Anne Condon）；克里斯·塔丘克 描述： 利用基序工程进行有效的密码子优化。现在通常将合成蛋白编码基因添加到克隆载体中，以便在非本地宿主生物体内表达。密码子优化的任务是选择指定蛋白质的密码子序列，以便所选密码子是宿主基因组中使用频率最高的密码子，受到某些限制，例如确保将预先指定的“禁止”基序的出现降至最低。密码子优化通过将宿主生物体中罕见的密码子与更频繁观察到的密码子进行交换，从而支持所需蛋白质产物的翻译效率。母题工程，如去除限制性内切酶识别位点或添加免疫刺激元件，也常常是必要的。我们提出了一种优化基因密码子偏倚的算法，该算法基于动机良好的偏倚度量，同时进行模体工程。该度量是先前研究的密码子适应指数，有利于在待优化的基因中使用宿主基因组中发现的最丰富的密码子。我们在GENCODE数据集上证明了我们的算法的效率和有效性，并保证找到的解决方案始终是最优的。我们算法的实现和源代码可以在url上自由访问{http://www.cs.ubc.ca/labs/beta/Projects/codon-optimizer}。 主页： http://www.cs.ubc.ca/labs/beta/Projects/codon-optimizer/ 关键词： 密码子最佳化;动态规划;顺序设计;模体工程 相关软件： UpGene公司;煤气公司;基因设计师;合成基因设计师;优化器;GeMS公司;JCat公司 引用于： 3文件 全部的 前5名6位作者引用 2 安妮·康登（Anne E.Condon）。 2 克里斯·塔丘克 1 克劳迪奥·阿尔比 1 穆斯塔法·切莱比·皮纳尔 1 法布里西奥·罗西 1 亚历山德拉·泰西托 2篇连载文章中引用 1 计算机与运筹学 1 离散算法杂志 在3个字段中引用 3 生物学和其他自然科学（92-XX） 2 计算机科学（68至XX） 1 运筹学、数学规划（90-XX） 按年份列出的引文