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SimPed公司

swMATH ID: 15080
软件作者: Leal,S.M.、K.Yan、B.Muller-Myhsok
描述: SimPed:一个模拟程序,用于生成谱系结构的单倍型和基因型数据。随着SNP基因型数据的广泛应用,人们对分析系谱单倍型数据产生了极大的兴趣。微卫星标记由于其物理距离,标记间连锁不平衡通常较低;然而,对于SNP标记的密集图谱,标记位点之间可能存在强烈的连锁不平衡。目前正在使用SNP标记位点的密集图进行连锁分析(参数和非参数)和基于家族的关联研究。蒙特卡罗方法通常用于连锁和关联研究;然而,到目前为止,还没有任何程序可以生成由大量基因座组成的单倍型和/或基因型数据用于系谱结构。SimPed是一个程序,可以为几乎任何大小和复杂程度的谱系快速生成单倍型和/或基因型数据。对于超过20000个双等位或多等位标记位点,可以生成连锁不平衡或平衡的标记数据。使用指定的遗传图距离和单倍型和/或等位基因频率为系谱结构生成单倍型或基因型。SimPed生成的模拟数据有多种用途,包括评估家谱数据单倍型频率的方法、评估因标记间连锁不平衡而产生的I型误差以及评估连锁和家族关联研究的经验p值。
主页: https://www.hgsc.bcm.edu/software/simped
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引用于: 3文件

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