RNAiFold2T

RNAiFold2T:热IRES开关的约束编程设计。动机:RNA温度计(RNAT)是顺式调节元件,在温度变化时改变二级结构。RNATs通常参与热休克、冷休克和毒力基因的调控,是合成生物学中一个有趣的潜在资源,工程RNATs可以成为生物传感器和条件基因调控的有用工具。结果:求解二温反折叠问题是RNAT工程的关键。这里我们介绍RNAiFold2T,the?rst约束规划(CP)和大邻域搜索(LNS)算法来解决这一问题。RNAiFold2T与现有程序(自适应行走和遗传算法)反向折叠的基准测试表明,我们的软件生成的解多出两个数量级,因此可以充分探索解的空间。然后,通过计算集合中目标结构的概率、熔化温度等指标来确定方案的优先次序。利用这一策略,我们合理地设计了两个热传感器内部核糖体进入位点(thermo-IRES)元件,它们的归一化帽无关转换e?效率在42岁时大约提高50%?C比30?C、 在网织红细胞裂解物中测试。翻译e?另一只手的效率比野生型要低。这看起来是什么?功能性RNA热开关的纯计算设计,当然还有?功能热红外元件的纯计算设计。可用性:RNAiFold2T作为新的重新租赁RNAiFold3.0的一部分在https URL和http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/RNAiFold公开,后者也有一个web服务器。软件采用C++语言编写,使用CP搜索引擎或工具。

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