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RNAiFold2T

swMATH标识: 15050
软件作者: 胡安·安东尼奥·加西亚·马丁、伊万·多图、哈维尔·费尔南德斯·查莫罗、格洛丽亚·洛扎诺、豪尔赫·拉马乔、恩卡纳西奥·马丁内斯·萨拉斯、彼得·克罗特
说明: RNAiFold2T:热IRES开关的约束编程设计。动机:RNA温度计(RNAT)是顺式调节元件,在温度变化时改变二级结构。RNATs通常参与热休克、冷休克和毒力基因的调控,是合成生物学中一个有趣的潜在资源,工程RNATs可以成为生物传感器和条件基因调控的有用工具。结果:求解二温反折叠问题是RNAT工程的关键。这里我们介绍RNAiFold2T,the?rst约束规划(CP)和大邻域搜索(LNS)算法来解决这一问题。RNAiFold2T与现有程序(自适应行走和遗传算法)反向折叠的基准测试表明,我们的软件生成的解多出两个数量级,因此可以充分探索解的空间。然后,通过计算集合中目标结构的概率、熔化温度等指标来确定方案的优先次序。利用这一策略,我们合理地设计了两个热传感器内部核糖体进入位点(thermo-IRES)元件,它们的归一化帽无关转换e?效率大约是50
主页: http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/RNAiFold/
依赖项: 维也纳
参考文献: 0个出版物