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pspati细胞

swMATH标识: 15003
软件作者: 宫口安寿、岩本和司、南田维勒、高桥高一
说明: 粒子反应扩散系统的并行随机方法。计算系统生物学为细胞生物学提供了大量的见解。早期,重点是分子物种间的反应网络。空间分布在过去十年才开始被考虑。然而,由于极高的计算工作量,计算仅限于小型系统。到目前为止,分子分辨率在典型尺寸细胞中的应用还远未实现。本文提出了一种求解粒子反应扩散系统的新的并行随机方法。这个名为pspaticyte的程序是在考虑生物细胞在拥挤的细胞内环境中的反应网络作为主要模拟目标而创建的。pspaticyte采用独特的基于六边形密排格的离散化和并行化算法,特别是在大型分布式内存并行计算机上。对于两级并行,我们在进程级引入了隔离子域和三级锁步通信,在线程级引入了体素锁定技术。我们在RIKEN的K计算机上进行了一系列并行运行。对于占位相对较低的精细晶格,从强标度的角度来看,pspatitcell的加速比为7686倍,663552个核相对于64个核,表现出74个核
主页: http://arxiv.org/abs/1605.03726
参考文献: 0个出版物