TMSmesh公司

TMSmesh:一种使用跟踪技术生成分子表面网格的稳健方法。生物分子的真实数学建模和数值模拟,特别是隐式溶剂模型的最新发展,似乎需要合格、稳定和高效的分子表面网格(例如,见B.Z.Lu等人的综述)。公社。计算机。物理。2008年,3973-1009年)。本文提出了一种新的方法:追踪分子表面进行网格划分(TMSmesh)生物分子的高斯表面。该方法直接求解一个非线性方程组来计算曲面点,通过跟踪技术连接曲面点进行多边形化,最后输出三角形网格。TMSmesh对于原子数具有线性复杂度,并且能够处理由100多万个原子组成的分子,这对于现有用于分子可视化和几何分析的表面生成方法来说通常是困难的。此外,TMSmesh生成的网格在Poisson−Boltzmann方程的边界元解中得到了成功的验证,这为模拟大规模分子体系的静电溶剂化提供了一条途径。我们的网页http://lsec.cc.ac.cn/∼lubz/Meshing.html上可以下载TMSmesh的二进制版本和一组具有代表性的PQR基准分子。


zbMATH中的参考文献(引用于,第1条标准)

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