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埃维根

swMATH标识: 14331
软件作者: Liu Q1、Mackey AJ、Roos DS、Pereira FC
说明: Evigan:整合真核基因预测基因证据的隐变量模型。动机:与基因注释相关的证据的多样性和多样性要求建立一个自动整合这些证据以产生候选基因模型的概率框架。结果:Evigan是一个用于真核生物基因组的自动基因注释程序,采用概率推理来整合多个基因证据来源。概率模型是一个动态Bayes网络,其参数被调整以使观察到的证据的概率最大化。一致的基因预测然后通过最大似然解码得到,得到n个最佳模型(每个模型都有概率)。Evigan能够适应多种证据类型,包括(但不限于)由不同基因发现者计算的基因模型、爆炸打击、EST匹配和剪接位点预测;学习参数编码证据源的相对质量。由于不需要单独的训练数据(除了个别基因发现者使用的训练集),Evigan对新测序的基因组特别有吸引力,因为这些基因组很少或没有可靠的人工注释。产生一个可供选择的基因模型的排序列表的能力可以促进选择性剪接转录本的识别。在编码人类基因组区域、间日疟原虫和拟南芥基因组的实验应用表明,Evigan比任何作为证据的单独数据源取得了更好的性能。可用性:源代码位于http://www.seas.upenn.edu/strctln/evigan/evigan.html。
主页: http://www.seas.upenn.edu/~strctln/evigan/evigan.html
相关软件: 冲浪;西雅娜;利比线性;LIBSVM库;Matlab语言;蛛网膜;重复;JBROWSE公司;深渊;阿耳特弥斯;全国广播公司;元IDBA;塞格玛;元生成注释器;天鹅绒;对讲机;阿波罗;爆炸;G浏览;短语
参考文献: 2个出版物
其他出版物: http://www.seas.upenn.edu/~strctln/bib/papers.html

参考1系列

1 计算生物学

按年份引用出版物