拨号 swMATH ID: 13837 软件作者： 费雷；Y.Ponty；W.A.Lorenz；彼得·克洛特 描述： DIAL：一个网络服务器，用于使用核苷酸、二面角和碱基配对相似性对两个RNA三维结构进行成对比对。DIAL（二面体对齐）是一个网络服务器，它为公众提供了一种新的动态编程算法的访问权限，用于RNA的成对3D结构对齐。DIAL通过执行对齐来实现二次时间，该对齐考虑了（i）伪二面体和/或二面体角度相似性，（ii）核苷酸序列相似性和（iii）核苷酸碱基配对的相似性。DIAL提供了对三种对齐算法的访问：全局（Needleman–Wunsch）、局部（Smith–Waterman）和半全局（修改后生成motif搜索）。可选地返回次优对齐，以及对齐位置ai的Boltzmann对概率Pr（ai，bj） , bj来自最佳线形。如果输入非零次优比对分数比，则可以使用半全局比对算法检测用户特定3D图案的结构相似发生。查询基序可以是线性链中的连续基序，也可以是多个非连续区域中的片段基序。DIAL web服务器提供图形输出，允许用户查看、旋转和放大3D叠加，以实现查询与目标的最佳（和次优）对齐。尽管这三种算法都有图形输出，但半全局模体搜索在识别RNA模体的尝试中可能最感兴趣。DIAL可在http://bioinformatics.bc.edu/clotelab/DIAL。 主页： http://nar.oxfordjournals.org/content/35/suppl_2/W659.short 相关软件： 艺术；哺乳动物；FRASS公司；iPARTS公司；FR3D公司；SARSA公司；焦耳（Jmol）；生物3d；MCQ4结构；PyMOL公司；马特普洛特利布；生物爪哇；gnuplot卫星；美国国家航空运输协会；建模师；MaxSub公司；3纳米；无间道；法国皇家医学会；DINAMelt公司 引用于： 3文件 5位作者引用 1 彼得·克洛特（Peter G.Clote）。 1 马吕斯·波本达 1 Ryan R.Rahrig。 1 玛尔塔·扎奇尼乌克 1 托马什·佐克 3篇连载文章中引用 1 数学生物学杂志 1 远东应用数学杂志 1 CEJOR公司。中欧运筹学杂志 在2个字段中引用 三 生物学和其他自然科学（92-XX） 1 计算机科学（68至XX） 按年份列出的引文