嗯，顺序 swMATH编号： 13742 软件作者： 崔世奇；古哈，苏巴鲁；费雷拉（Marco A.R.Ferreira）。；Allison N.特格。 描述： HmmSeq：从RNA-seq数据中检测差异表达基因的隐马尔可夫模型。我们介绍了hmmSeq，一种基于模型的分层贝叶斯技术，用于检测RNA-seq数据中差异表达的基因。我们的新hmmSeq方法使用隐马尔可夫模型来解释相邻基因的潜在共表达。此外，hmmSeq采用综合方法进行技术或生物复制研究，自动调整任何额外的变异性。此外，对于配对数据可用的情况，hmmSeq包括包含受试者特定影响的治疗之间的配对结构。为了对hmmSeq模型进行参数估计，我们开发了一种高效的马尔可夫链蒙特卡罗算法。此外，我们开发了一种检测差异表达基因的程序，该程序可以自动控制错误发现率。仿真研究表明，hmmSeq方法在接收机工作特性曲线方面优于竞争对手。最后，对三个公开可用的RNA-seq数据集的分析证明了hmmSeq方法的强大性和灵活性。手稿出版后，将向CRAN提交一份实现hmmSeq框架的R包。 主页： http://arxiv.org/pdf/1509.04838.pdf 依赖项： R（右） 关键词： 贝叶斯层次模型;一阶相依性;下一代测序;过度分散;串行相关 相关软件： 自适应MT;AdaPT公司;DNA;tmv规范;戴维;BaySeq公司;CNAmet公司;边缘R;生物导体;R（右）;CRAN（起重机） 引用于： 2文件 标准条款 1出版物描述软件，包括1出版物以zbMATH为单位 年份 HmmSeq：从RNA-seq数据中检测差异表达基因的隐马尔可夫模型。 Zbl 1454.62323号崔世奇;古哈，苏巴鲁;Marco A.R.费雷拉。;Allison N.特格。 2015 全部的 前5名8位作者引用 1 C.崔婷婷 1 崔世奇 1 Marco A.R.费雷拉。 1 古哈、苏巴鲁 1 Allison N.特格。 1 王江洲 1 王鹏飞 1 朱文生 2篇连载文章中引用 1 计算统计与数据分析 1 应用统计学年鉴 在1个字段中引用 2 统计学（62-XX） 按年份列出的引文